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31326 Castanet Tolosan cedex - France

Dernière mise à jour : Mai 2018

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Syndicat des Sélectionneurs Avicoles et Aquacoles Français

Offre de stage Master 1 ou Master 2

A partir de début mai 2021 pour une durée de 3 à 6 mois

Offre de stage Master 1 ou Master 2
Développement de prédicteurs de rendements chez le turbot et investigation des paramètres génétiques de caractères d’intérêt pour la filière

Contexte de l’étude :

Le stage s’inscrit dans le cadre du projet Turboost (soutenu par le FEAMP) dont l’objectif global est d’améliorer la production du turbot grâce à la sélection génétique. En particulier, l’une des tâches vise à définir des prédicteurs de rendements de découpe à partir de mesures sur animaux vivants, et à en estimer les corrélations génétiques avec les autres caractères d’intérêt pour la filière tels que la croissance, la pigmentation de la robe mais aussi la résistance à une maladie.

Description du stage :

Le (la) stagiaire participera au phénotypage d’un millier de turbots. Diverses mesures permettront d’acquérir des images des turbots, ainsi que des coordonnées 3D et des mesures par échographie pour en décrire la morphologie en 2D et 3D. La découpe des poissons permettra de calculer les rendements.

Le travail de stage consistera à tenter d’établir des prédicteurs phénotypiques de rendements de découpe à l’aide de modèles de prédiction linéaires de façon à définir une combinaison de mesures non létales simples à mettre en œuvre sur le terrain tout en préservant la qualité du modèle de prédiction des rendements. Le lien avec l’existence d’une variabilité génétique sélectionnable de ces prédicteurs sera évalué dans un second temps avec l’estimation de l’héritabilité de ces prédicteurs et des corrélations génétiques avec les rendements qu’ils prédisent et d’autres caractères d’intérêt (croissance, résistance, etc.). Les analyses pourront être poussées jusqu’à l’estimation de la précision des valeurs génétiques permettant d’appréhender les gains génétiques attendus. Le tout fera l’objet d’un compte-rendu.

Le stage sera co-encadré par France Turbot Ichtus (pour la partie « terrain » à Noirmoutier), par l’INRAE au Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons à Rennes pour la partie analyse de données, et par le SYSAAF à Rennes pour la partie génétique.

Compétences recherchées :

Le (la) stagiaire recherché(e) doit pouvoir s’organiser, être extrêmement rigoureux(se) et faire preuve d’une certaine autonomie. Il (elle) doit apprécier le travail sur ordinateur et en maîtriser les fonctionnalités de base (traitement de texte, feuilles de calcul). La connaissance des bases de données de type Access, de logiciels de traitements statistiques (R) et de traitement d’image (ImageJ) serait appréciée. En outre, il (elle) devra présenter des solides aptitudes rédactionnelles et de synthèse. Une bonne maîtrise de l’anglais écrit serait également un atout afin de resituer son travail par rapport à ceux rapportés dans la littérature scientifique et potentiellement de rédiger une publication des résultats.

Présentation des partenaires impliqués :

France Turbot Ichtus est une société basée à Noirmoutier qui fait partie du groupe Gloria Maris. Sa capacité de production annuelle de turbot est de 200 tonnes. C’est l'unique écloserie française qui conduit un programme de sélection génétique sur le turbot.

Le SYSAAF (Syndicat des Sélectionneurs Avicoles et Aquacoles Français) est spécialisé dans l’appui technique d’une 40aine d’entreprises et associations dans les domaines de la sélection génétique, ce qui concerne 28 espèces avicoles et aquacoles.

L’INRAE, Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement, intervient à travers l’équipe Croissance et Qualité de la Chair des poissons en apportant son expertise dans le domaine de la caractérisation de la morphologie externe et interne des poissons.

L’ANSES est le laboratoire de référence des pathologies piscicoles marines à travers son Unité de Pathologies Virales des Poissons.

Indemnité de stage  en vigueur au 01/01/2021 : de l’ordre de 570 € net par mois

Localisation : Station INRAE-LPGP, Campus de Beaulieu, Bât.16A, 35042 Rennes cedex

Pour candidater (lettre de motivation + CV) : à Anastasia Bestin  (02 23 48 57 22)

Voir aussi

FranceTurbot
anses
anses pathologie poisson
UE
france agrimer
inrae
LPGP
SYSAAF