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31326 Castanet Tolosan cedex - France

Dernière mise à jour : Mai 2018

Menu Logo SYSAAF

Syndicat des Sélectionneurs Avicoles et Aquacoles Français

PROPOSITION DE POSTE CDD GENOMICIEN

Identification de la mutation causale d’un QTL de résistance au VNN chez le bar Dicentrarchus labrax

CDD de 10 mois (01-03-2021 au 31-12-2021, basé à la station Ifremer de Palavas-les-flots)
  • Entreprise :

Le SYSAAF est une structure spécialisée d’appui technique à la sélection génétique au sein des filières avicoles,  aquacoles et entomocoles. Avec 28 salariés, dont 23 généticiens, biologistes ou data scientists, il apporte aujourd’hui une expertise technique-génétique pour la sélection ou la gestion d’une 30aine d’espèces, auprès d’une 40aine de structures, majoritairement localisées en France.  

  • Description du poste :

Dans le cadre du projet de R&D FEAMP GeneSea, le(la) candidat(e) sera employée par le SYSAAF pour tenter d’identifier des QTL de résistance à une pathologie virale chez le bar. Pour des raisons pratiques, la personne sera affectée géographiquement à la station Ifremer de Palavas-les-Flots au sein de l’UMR MARBEC dans le laboratoire d’Adaptation, Adaptabilité des Animaux et des Systèmes d’élevage (L-3AS)

Le ou la candidat·e devra :

  1. Procéder au contrôle qualité, assemblage et alignement de 400 génomes entiers de bar commun Dicentrarchus labrax à partir de données brutes de séquençage haut-débit (High-Seq Illumina) ;
  2. Préciser la localisation de QTL par imputation des séquences des parents sur les génotypes des descendants génotypés en puces 57k SNP ;
  3. Identifier le ou les gènes ou facteurs de transcription majeurs dans le déterminisme du phénotype de résistance.

Le ou la candidat·e sera amené à travailler en interaction avec des entreprises de sélection. Un intérêt pour la vulgarisation et le transfert des résultats est nécessaire.

Le ou la candidat·e sera conduit à effectuer des déplacements, essentiellement en France métropolitaine.

  • Profil :

PhD en génomique, de préférence avec une expérience en traitement de données de séquençage haut-débit.

Des compétences en génétique quantitative, en génomique et en traitement de données de séquences sont nécessaires. L’agent sera conduit à utiliser des serveurs sous Linux, des bases de données sous ORACLE et ACCESS et des logiciels statistiques spécifiques.

Des compétences en aquaculture, et en pathologie sont souhaitables, ainsi qu'un intérêt particulier pour les activités de transfert et développement auprès de partenaires professionnels est indispensable.