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Syndicat des Sélectionneurs Avicoles et Aquacoles Français

Utilisation des empreintes génétiques en sélection aquacole

  • En sélection animale, la connaissance des généalogies est déterminante, que ce soit pour limiter la consanguinité en évitant de croiser des individus apparentés ou pour estimer les valeurs génétiques des candidats sur la base de leurs performances et de celles d’apparentés. En agriculture, les éleveurs identifient leurs animaux dès la naissance avec des bagues posées à l’aile (oiseaux) ou des boucles posées à l’oreille (mammifères). La petite taille à l’éclosion des espèces aquacoles rend ce marquage précoce impossible. La seule solution consistait à élever les descendants de chaque famille dans autant de bassins que de famille (> 200 / génération) jusqu’à ce que les animaux atteignent une taille minimum (35-50 g) à laquelle leur identification individuelle par transpondeur RFID est possible. Ce type de programme de sélection implique des frais d’investissement et d’élevage coûteux que seules des entreprises de très grande taille peuvent assumer. De plus, l’impossibilité de dissocier la performance familiale de l’effet du bassin réduit la précision de l’estimation de la valeur génétique des individus.
  • Pour contourner cette difficulté, et comme développé chez l’Homme, le SYSAAF a investi dans le transfert de la technologie des empreintes génétiques en partenariat avec le laboratoire d’analyse LABOGENA. Les avancées récentes en biologie moléculaire ont montré que chaque individu présente une signature génétique unique due à la variabilité entre individu du nombre de répétition de fragments des chromosomes dans des régions non codantes de notre ADN. Chaque sélectionneur, après envoi à LABOGENA d’un échantillon de nageoire, de sang ou de manteau (huître) dans de l’alcool peut ainsi identifier a posteriori la généalogie de ses animaux en sélection, même à partir de très nombreux parents potentiels. Cette innovation a profondément modifié la structure des programmes de sélection de type massale ou familiale. De plus, le regroupement des candidats dans un même bassin dès l’éclosion réduit les effets « bassin », améliore fortement la qualité des estimateurs génétiques et donc améliore l’efficacité des programmes de sélection.
  • Le typage ADN, déjà développé chez la truite arc-en-ciel, le bar, la daurade, le turbot, l’huître, le maigre, l'esturgeon sibérien, l'ombrine ocellée, le saumon, le barramundi et la crevette blanche, sécurise la gestion génétique en sélection massale en évitant de croiser des individus apparentés. De plus, sa simplicité de mise en œuvre permet le développement de programmes de sélection combinant une sélection massale pour des caractères externes et une sélection familiale sur apparentés pour des caractères létaux impliquant par exemple une découpe (rendement à l’éviscération, rendement au filetage, pigmentation de la chair, etc.) tout en limitant le nombre d’individus à génotyper à son minimum nécessaire.
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