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Dernière mise à jour : Mai 2018

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Syndicat des Sélectionneurs Avicoles et Aquacoles Français

Développement d’une puce 665 000 marqueurs génétiques chez la truite

Développement d’une puce chez la truite
Le SYSAAF et trois entreprises de sélection ont participé au développement d’un nouvel outil de génotypage Haute Densité dans le cadre d’un consortium conduit par l’INRAE pour augmenter la précision de la détection de gènes d’intérêt.

Cette nouvelle puce de génotypage à haute densité (HD) de 664 531 marqueurs génétiques (SNP) a été développée à partir de la découverte de 32 372 492 SNPs par reséquençage de 164 échantillons par l’USDA et INRAE, dont 60 échantillons de la population de l’entreprise de sélection « Les Fils de Charles Murgat » (Projet FEAMP NéoBio). La puissance de l’outil permet de disposer d’un marqueur génétique environ toutes les 2000 bases le long du génome. Validée sur les populations des entreprises de sélection « Bretagne Truite » et « Viviers de Sarrance » (projet FEAMP HypoTemp), la puce permet de détecter dans ces populations la variabilité présente à plus de 70% des 664 531 marqueurs (ou zones du génome). Son utilisation en cours dans les projets HypoTemp et Flavocontrol(FEAMP) devrait permettre de raffiner l’identification de zones du génome impliquées dans des caractères d’adaptation au changement climatique et de résistance à la flavobactériose.