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Le SYSAAF a pour mission d'accompagner les sélectionneurs pour la mise en place de schémas de sélection des populations, la sélection de nouveaux caractères, la domestication de nouvelles espèces, et éventuellement de conseiller sur de nouvelles conditions et conduites d’élevage en sélection. Le SYSAAF propose également un appui technique pour la sécurisation et la gestion de la diversité génétique, en particulier de sélections à petites diffusions (races locales, espèces à domestiquer ou en cours de domestication récente) ou pour accompagner des programmes de restauration écologique de populations sauvages, et ce, de toutes espèces.. Le SYSAAF peut apporter son appui et/ou proposer des actions de R&D pour :

La mise en place de moyens de sélection :

• Définir et le dimensionner un schéma de sélection massale, généalogique ou génomique répondant aux objectifs et aux moyens financiers, techniques et humains du sélectionneur
• Déployer les méthodes de phénotypage, de marquage des individus, de prélèvements d’ADN, de saisie des données en base
• Développer ou mettre à jour les outils de génotypage, et choisir la technologie à utiliser
• Suivre la réalisation des génotypages en interaction avec le laboratoire de génotypage prestataire retenu par le sélectionneur

L’analyse des données de sélection :

• Vérifier la qualité des données produites dans le schéma de sélection (phénotypes, pedigree, génotypes)
• Reconstruire le pedigree par assignation de parenté, ou contrôler les filiations
• Définir les seuils de troncature pour des étapes de sélection massale
• Proposer des modèles d’évaluation génétique adaptés au type de caractère (continu ou discret), en prenant en compte les effets fixes et/ou aléatoires connus dans le schéma
• Estimer les paramètres génétiques des caractères, ainsi que les corrélations génétiques entre caractères
• Étudier l’architecture génétique des caractères pour identification de marqueurs liés à des performances ou de gènes majeurs
• Estimer les valeurs génétiques ou génomiques des candidats à la sélection, et construire des index de sélection synthétiques répondant aux objectifs du sélectionneur
• Proposer des choix de candidats susceptibles de faire évoluer favorablement la moyenne de la population en optimisant la préservation de la variabilité génétique
• Etablir des plans d'accouplement entre des reproducteurs peu apparentés afin de minimiser l'accroissement de la consanguinité des descendants dans la génération suivante
• Suivre l’évolution de la diversité génétique dans la population

L’amélioration en continu du schéma de sélection :

• Discuter les résultats et les travaux réalisés avec le sélectionneur lors de réunions de bilan
• Confronter l’évolution des niveaux génétiques estimé à l’évolution des phénotypes observés
• Assurer une veille scientifique et technique
• Apporter du conseil sur l’optimisation du schéma et de la stratégie de diffusion du progrès génétique, éventuellement en passant par des travaux de simulation
• Sécuriser les investissements en sélection par sites miroir en back-up ou par cryoconservation