La première mission du SYSAAF est d’offrir un appui technique pour la sécurisation et la gestion de la diversité génétique, ainsi que la sélection génétique des lignées ou races, au sein des filières avicoles. Les sélectionneurs peuvent ainsi bénéficier de conseils avisés pour la domestication de nouvelles espèces, la mise en place de schémas de sélection de nouvelles populations, la sélection de nouveaux caractères, de nouvelles conditions et conduites d’élevage en sélection, éventuellement chez de nouveaux sélectionneurs, puis pour le choix de reproducteurs performants et la mise en place des plans d’accouplements appropriés.

En sélection massale sans ou avec pedigree établit par empreintes génétiques [Secteur Aquacole], et en sélection généalogique avec pedigree établit au couvoir (Aviculture) ou par empreintes génétiques (Espèces avicoles et aquacoles) les opérations successives qui relèvent de la recherche et développement consistent à :

• Remonter les généalogies et performances collectées sur le terrain, dans la base de données SYSAAF,
• Valider les données phénotypiques après avoir effectué des opérations de contrôle élémentaire,
• Contrôler la qualité des fichiers de l’échantillonnage des prélèvements de sang ou tissus transmis aux laboratoires de génotypage,
• Contrôler la qualité des fichiers de retour des assignations de parenté ou des génotypages des laboratoires d’analyse,
• Estimer les valeurs génétiques des candidats à la sélection en utilisant différents modèles (BLUP, GBLUP, VCE, TM, modèles à seuil…) en fonction de la nature des caractères à traiter (Continus, discrets),
• Proposer ou valider des troncatures de sélection successives,
• Calculer des index phénotypiques normalisés,
• Estimer les paramètres génétiques ou génomiques,
• Établir, un classement non biaisé des candidats à partir de ces valeurs, sur la base des critères et objectifs souhaités par les adhérents,
• Proposer les candidats susceptibles de faire évoluer favorablement la moyenne de la population en optimisant la préservation de la variabilité génétique de chaque population,
• Proposer un plan d'accouplement entre des reproducteurs peu apparentés afin de minimiser l'accroissement de la consanguinité des descendants de la génération suivante,
• Échanger avec les adhérents pour la mise en place de nouveaux critères de sélection et/ou de nouvelles stratégies,
• Présenter une synthèse des travaux réalisés lors de réunions de bilan avec l’adhérent, impliquant la participation de différents acteurs des services sélection.