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La thèse porte sur :

• la diversité génétique des populations françaises de truites arc-en-ciel commerciales ou expérimentales.
• les caractères de reproduction femelle essentiels dans l’économie des entreprises de sélection comme la production d'œufs fécondés ou de caviar.
• les caractères de production comme la croissance, l’un des principaux critères de sélection en aquaculture.

La thèse présentée et soutenue le 17 décembre 2020 par Jonathan D'Ambrosio.

Thèse en ligne

Résumé

Les programmes de sélection trutticoles français utilisent depuis 2004 une sélection généalogique avec des pedigrees établis par marquage moléculaire et des performances mesurées sur un à deux milliers de collatéraux des candidats à la sélection. La sélection génomique (SG) s’impose comme une évolution évidente si elle peut être mise en œuvre de manière techniquement et économiquement efficace. Un premier outil de génotypage à moyenne densité (MD) incluant 57000 marqueurs étant disponible depuis 2015, l’objet de la thèse était d’évaluer l’intérêt de la SG pour trois lignées françaises de truite arc-en-ciel. Un préalable était d’évaluer si la densité de la puce MD était suffisante pour que le déséquilibre de liaison entre marqueurs successifs permette une SG efficace au regard de la diversité génétique des lignées françaises. Les tailles efficaces des lignées ont été estimées à des valeurs de 50 à 70 et le déséquilibre de liaison entre marqueurs successifs à des valeurs (r²~0,30) compatibles avec une bonne efficacité de la SG. Ces résultats ont été confirmés par des études de validation croisée de la précision de la SG pour divers caractères de reproduction, résistance à la nécrose pancréatique infectieuse (NPI), croissance, rendement de découpe et qualité de la chair. Avec des héritabilités estimées limitées (NPI) à fortes (poids éviscéré et étêté), tous ces caractères sont très polygéniques : peu de régions génomiques expliquent plus de 1% de la variance génétique et aucune région à effet majeur (> 10% de la variance) n’a été identifiée. Les résultats obtenus permettent de conclure à une précision de la SG supérieure de 10 à 37% (selon les caractères étudiés) par rapport à la sélection basée sur le pedigree. Ils ouvrent des pistes pour l’optimisation économique de l’investissement en SG par utilisation de puces à plus basse densité permettant d’obtenir une précision de la SG proche de celle obtenue en MD (perte d’efficacité < 5% au-delà de 6000 marqueurs) et par réduction du nombre de collatéraux phénotypés. En effet, 700 individus collatéraux des candidats à la sélection semblent suffisants pour obtenir des précisions de la SG supérieures à celles d’une sélection sur pedigree. Les entreprises de sélection françaises peuvent donc mettre en œuvre une SG techniquement efficace et rapidement rentable en truite arc-en-ciel.

Université Paris-Saclay , dans le cadre de  École doctorale Agriculture, alimentation, biologie, environnement, santé (Paris ; 2015-....) , en partenariat avec  AgroParisTech (référent) et de  Génétique animale et biologie intégrative (Jouy-en-Josas,Yvelines) (laboratoire) .