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Le service de biotechnologie de la reproduction est divisé en deux pôles : un pôle aquacole, et un pôle avicole. 

• Pour le pôle aquacole : Le SYSAAF coordonne la gestion de la cryobanque collective des espèces aquacoles CRYOAQUA regroupant le SYSAAF, avec lui les entreprises de sélection aquacoles adhérentes au SYSAAF, l’INRAE, l’Ifremer, la Cryobanque Nationale et l’entreprise Synetics, leader mondial de sélection et de l’insémination chez les ruminants. CRYOAQUA assure les fonctions de congélation et la cryoconservation des semences (salmonidés, bar, daurade, maigre, huître creuse, esturgeons, perche) des partenaires selon les protocoles proposés par ceux-ci. Plus largement, le site est agréé sanitairement et peut congeler tout type de cellules ou de tissus. Différents travaux de R&D peuvent être conduits pour améliorer les procédures de congélation ou en développer sur d’autres espèces. C'est aussi le site secondaire de la Cryobanque Nationale en ayant congelé différentes lignées dans le cadre du projet CRB Anim.

• Pour le pôle avicole : Le SYSAAF offre une expertise spécialisée dans le domaine de la reproduction aviaire à la pointe de la recherche pour développer des solutions innovantes. Un service de sauvegarde des ressources génétiques des lignées pures des entreprises de sélection et des races patrimoniales est proposé avec la  maitrise du protocole de cryopréservation de la semence aviaire directement en élevage ; service unique en France. Depuis 2023, en partenariat avec l’INRAE et l’INSERM, le SYSAAF met à disposition un process de sauvegarde et de restauration de lignées/races avicoles à partir de cellules germinales primordiales.

Le SYSAAF est également partenaire dans plusieurs projets de recherche nationaux et européens pour :

1. Analyser la qualité de la semence en fonction des conditions d’élevage, du changement climatique (forte chaleur), de l’aliment, etc… 
2. Adapter les protocoles d’insémination artificielle (semence fraîche vs semence congelée-décongelée),
3. Rechercher des biomarqueurs de fertilité et/ou du développement embryonnaire,
4. Mettre au point des analyses de phénotypage de la fertilité.
   
   Enfin le SYSAAF élabore un protocole de cryopréservation d’œufs ou de larves de Ténébrio molitor