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SELEST’

Développement de la sélection génomique de l’esturgeon, du 02/0/2024 au 31/08/2027

La sélection génomique est déjà utilisée en routine chez des espèces traitées par le SYSAAF telles que la truite arc-en-ciel, l’huître, le bar, la daurade, la crevette à pattes blanches. Cependant, elle n’est pas encore en place en filière « caviar » car les outils ne sont pas disponibles pour les deux espèces majeures élevées en France : l’esturgeon russe (A. gueldenstaedtii) et l’esturgeon sibérien (A. baerii). Une des raisons de ce « retard » est la complexité des génomes d’esturgeons : ceux-ci sont octoploïdes, avec de l’ordre de 240 chromosomes et une taille de génome d’environ 4,5 Gb. Le défi sera d’identifier des SNPs à comportement diploïde (hérédité disomique) à partir des ressources génomiques développées dans les précédents projets Siber’Sex et S’sturgeon. Ces SNPs seront placés sur un puce de génotypage 70K bi-espèces. Les sélectionneurs d’esturgeons génèreront alors plus de gain génétique du fait, entre autres, de la possibilité de choisir plus précisément les individus femelles et même les mâles sur leurs performances « caviar » (même s’ils n’en produisent pas : grâce à leur ressemblance au génome avec des sœurs, tantes, etc. dont les performances sont connues leur valeur propre sera connue également).

Le SYSAAF intervient dans le projet en tant que partenaire chef de file. Plus précisément, il coordonnera le développement de la puce de génotypage 70K bi-espèces et l’obtention de phénotypes (qualité et production de caviar) et génotypes. Le SYSAAF traitera les données (contrôles qualité, assignation, estimation des paramètres génétiques, évaluation de l’efficacité de la sélection génomique) et adaptera en conséquence son pipeline bioinformatique

Les missions du SYSAAF

  • Faire le lien entre les entreprises, les laboratoires de génotypage et les chercheurs pour développer une puce 70K bi-espèces
  • Tester la puce et évaluer l’efficacité de la sélection génomique chez les deux espèces d’esturgeon
  • Coordonner et participer à la valorisation, à la communication des résultats de ce projet

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