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Dans la filière avicole, les objectifs de production de viandes ou d’œufs ont conduit à la sélection de lignées spécialisées et hautement productives pour la croissance musculaire ou pour l’intensité du processus reproductif (production d’œuf).

Cette hyperspécialisation s’est accompagnée d’une diminution de capacité reproductive dans les lignées chair et d’une dévalorisation de la carcasse dans les lignées ponte.

Actuellement, diverses alternatives sont proposées à ces lignées, parmi lesquelles l’utilisation de lignées à double finalité chair et ponte.

Cependant, les performances de croissance ou l’efficience alimentaire des lignées commerciales actuellement affichées double finalité sont encore inférieures à celles des lignées commerciales de type « chair ». De même, ces lignées à double finalité pondent moins d’œufs et des œufs de plus petit calibre et consomment plus sur une période de ponte donnée que les lignées commerciales de type « ponte ».

L’identification de régions génomiques soumises à la sélection est un élément clé pour une meilleure compréhension des mécanismes biologiques ayant conduit à la spécialisation des lignées.

Ces traces de sélection pourraient s’avérer utiles pour le développement de lignées à double finalité plus efficientes et correspondant à la demande sociétale de développement d’une agriculture durable et plus respectueuse de l’éthique et du bien-être animal.

En s’appuyant sur des données de séquençage ou de génotypage haut débit disponibles dans les bases de données et provenant de lignées sélectionnées pour la ponte ou pour la chair, l’objectif du stage est :

• d’identifier des régions du génome soumises à la sélection (analyses de fréquences haplotypiques ou de ROH) dans les deux types de lignée (chair / ponte),
• d’identifier des haplotypes favorables pour ces deux types de production et, en s’appuyant sur l’annotation des génomes et sur les bases de connaissances fonctionnelles, de les caractériser fonctionnellement.

Les applications finalisées potentielles :

• Le principal résultat attendu est l’identification d’haplotypes spécifiques et favorables à la production d’œufs ou de viande.
• Ces connaissances devraient permettre, à terme, le développement ou l’amélioration génétique de lignées à double fin