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Le projet de thèse a pour but d’identifier des biomarqueurs du développement embryonnaire et des capacités de stéatose hépatique afin de répondre aux problèmes des entreprises de sélection avicoles.

La sélection génomique révolutionne la gestion des populations d’élevage depuis 15 ans. En aquaculture, elle commence à être utilisée chez le saumon, la truite, le bar ou la daurade. En utilisant un outil de génotypage à 42.000 SNP pour l’huître creuse, espèce majeure de la conchyliculture française avec des phénotypes d’intérêt commercial comme la qualité, la croissance, la résistance aux maladies, il est désormais possible d’explorer le déterminisme génomique de ces caractères et de tester les schémas de sélection génomique chez cette espèce.

Les populations de gibiers sauvages en France sont pour certaines en déclin et le maintien et la gestion de ces espèces souvent emblématiques deviennent aujourd’hui des enjeux majeurs. Afin de pallier à cette diminution des populations, des lâchers de gibiers d’élevage sont effectués chaque année que ce soit pour répondre à des objectifs cynégétiques ou à des objectifs de conservation. Cependant, en milieu naturel, la survie et les capacités de reproduction de ces animaux restent faibles.

La sélection génomique a révolutionné la gestion des populations d’élevage. En aquaculture, seul le saumon en bénéficie à ce jour. Grâce au développement d’une puce 57K SNP chez le bar et la daurade, deux espèces majeures de l’aquaculture méditerranéenne, et à l’acquisition de phénotypes de résistances à différents pathogènes communs (nodavirose, vibriose et pasteurellose), il est désormais possible d’appliquer les principes de la sélection génomique chez ces deux espèces.

L’accès récent à la séquence du génome, aux cartes génétiques et à une puce de génotypage à haut débit de 57000 SNPs (57K) ouvre la porte à une révolution dans l’organisation des programmes de sélection trutticole. Il est maintenant possible d’initier la sélection génomique (SG) sur des caractères coûteux à mesurer sans mesurer les performances sur les candidats si des populations de référence sont constituées de milliers de truites à la fois génotypées en 57K et phénotypées pour les caractères à évaluer.

Amélioration d'un programme de sélection massale sur la croissance chez la truite arc-en-ciel par introduction d'une sélection BLUP pour des caractères de qualités grâce aux empreintes génétiques

Bases génétiques de la réponse à l'infection par Flavobacterium psychrophilum chez la truite arc-en-ciel : approche expérimentale et perspectives en sélection